光復後，民國三十五年八月，位為於小南門之「臺灣陸軍醫院」成立耳鼻咽喉科，主任為王老得醫師。民國四十一年三月改制成「陸海空軍第一總醫院」，民國四十四年九月更名成「陸軍第一總醫院」。至民國四十七年十一月年皆由王老得醫師擔任主任。民國四十九年五月再更名成「陸軍801總醫院」。民國五十六年七月，醫院再改稱為三軍總醫院。與國防醫學院外科學系轄下之「神經及眼耳鼻喉科學組」為夥伴關係，至民國六十五年二月年皆由方良金醫師擔任主任。民國六十八年，三軍總醫院改隸為國防醫學院之直屬教學醫院。民國八十九年十一月遷至內湖新院址，其間歷任耳鼻喉科主任者有：劉榮譜、蘇文勇、陳祥霖、林炯堃等醫師。

民國八十六年本部隸屬國防醫學院「耳鼻喉科學系」，後改稱「耳鼻喉學科」，擔任醫學系「耳鼻喉頭頸外科學」課程之教學以及學生醫院見習、實習及進修軍醫專科醫師訓練工作。耳鼻喉科學課程內容包括：耳鼻喉之解剖及生理；各種耳鼻喉疾病及病理變化；聽覺生理及聽力檢查、外耳、中耳、內耳之疾病；咽喉、唾液腺之疾病；鼻、鼻竇之疾病；頭頸部各種腫瘤診斷及治療；耳鼻喉科急診處理等。

遷至內湖院區後，本部病床數為46床，月平均門診量在4200到4500人次，急診約為150-200人次，住出院約為200人次，床位使用率在80到100%之間。