三軍總醫院是國內最早成立大腸直腸外科專科之醫院,早在30多年前即己設立,當時由杜聖楷醫師擔任主任,後來台北榮總成立,杜主任調任台北榮總擔任主任,而三總主任則由周良騏主任接任。之後歷經王振湖主任, 林繼昌主任 及饒樹文教授等三位主任,目前主任則由吳昌杰醫師擔任。

        本科對於醫師專業訓練要求十分嚴格,住院醫師在經過三年外科的住院醫師訓練之後,即固定本科專做大腸直腸外科之醫療工作,經過第四年住院醫師及一年總醫師的訓練後,才有資格升任主治醫師,之後多數之主治醫師皆會派往國外知名之醫學中心再接受進一步之專業訓練。

     本科之醫師皆是專做大腸直腸及肛門之手術,並不兼做一般外科之手術。對於大腸直腸外科之各種疑難雜症及各類手術,皆是學有專精,術有專攻。各類手術之進行及各項研究成果,絕對不輸世界知名醫學中心,甚至有許多項超越他們。多年來國內許多醫院陸續派遣醫師來本科進修,包括馬偕醫院,和平醫院,仁愛醫院,國軍松山醫院,國軍台中總醫院,國軍桃園總醫院,國軍花蓮總醫院等,本科也因此為國內培植了不少的大腸直腸外科專科醫師人才。